Lagu “Indonesia Raya” akhirnya diperdengarkan untuk pertama kalinya pada Kongres Pemuda Indonesia kedua, yang berlangsung pada 27-28 Oktober 1928. Dengan iringan biola, lagu tersebut berhasil menyentuh hati dan menginspirasi para tokoh perjuangan Indonesia. Lagu ini dinyanyikan sebelum pembacaan Putusan Kongres Pemuda, yang kemudian dikenal sebagai Sumpah Pemuda.
Namun, setelah Kongres Pemuda kedua, WR Supratman mulai diawasi oleh pemerintah Belanda karena lagu ciptaannya mengandung kata “Merdeka, Merdeka.” Akibatnya, pemerintah Hindia Belanda melarang rakyat Indonesia menyanyikan lagu “Indonesia Raya” di depan umum.