Tak hanya kebijakan tentang sistem transportasi, Jonan pernah mencoba untuk bersikap adil dengan pegawai KAI dengan memberikan gaji yang sesuai antara pekerjaan satu dengan yang lainnya.
Setelah menjadi Direktur KAI, Jonan kemudian mengemban tugas sebagai Menteri Perhubungan (Menhub) pada 2016 di era Presiden Joko Widodo (Jokowi).