Setelah vonis terhadap pimpinan Pondok Pesantren Al Zaytun, Panji Gumilang, Kementerian Agama Kabupaten Indramayu memastikan bahwa pembelajaran di pondok pesantren tersebut berjalan normal seperti biasa. Meskipun Panji Gumilang telah divonis satu tahun penjara oleh Pengadilan Negeri Indramayu atas kasus penistaan agama, namun kegiatan belajar mengajar tetap berlangsung. Seluruh kegiatan belajar, mulai dari tingkat Ibtidaiyyah, Tsanawiyyah, Aliyah, hingga pesantren, tidak terganggu pasca vonis.
Kementerian Agama juga mengklaim bahwa kurikulum di Pondok Pesantren Al Zaytun telah mengikuti kurikulum resmi yang ditetapkan oleh Kementerian Agama. Terkait rencana pengambil alih Al Zaytun oleh pemerintah, Kementerian Agama perlu melalui berbagai pertimbangan sebelum akhirnya memilih opsi terbaik bagi Al Zaytun.
Aan Fathul Anwar, Kasubag Tata Usaha Kementerian Agama Indramayu, menyatakan harapannya bahwa Pondok Pesantren Al Zaytun, yang belakangan ramai, tetap berada dalam koridor dan kurikulum Kementerian Agama. Hal ini diharapkan agar Al Zaytun dapat memberikan kontribusi positif bagi agama dan negara.